Правильно писать:
«В ТЕЧЕНИЕ МНОГИХ ДНЕЙ»

Какое правило применять при написании?

Правописание предлогов в течение, в продолжение, вследствие

Правило звучит так:
В предлогах в течение, в продолжение, вследствие на конце пишется е.

Неправильно
«В ТЕЧЕНИИ МНОГИХ ДНЕЙ»